Bereits 1866 nahm die Flensburg-Ekensunder Dampfschiff-Gesellschaft ihren Betrieb auf. 1873 bekam die Gesellschaft jedoch Konkurrenz, die Sonderburger gründeten ihre eigene Gesellschaft. 2 Jahre danach sah man ein, dass für zwei Gesellschaften einfach nicht genügend Aufträge da waren. So entstand 1875 die „Vereinigte Flensburg-Ekensunder & Sonderburger Dampfschiffs-Gesellschaft".

Bis zum Ausbruch des Ersten Weltkriegs war diese Gesellschaft sehr erfolgreich. Neben den Passagieren, transportierte die Gesellschaft Stück- und Expressgut bis nach Hamburg und Kiel und seit der Jahrhundertwende waren auch Viehtransporte möglich. Nach dem Krieg entschieden sich die Flensburger fürs Deutsche Reich und die Nordschleswiger für Dänemark. Das hatte zur Folge, dass Süderhaff, Ekensund und Gravenstein jahrelang nicht angelaufen werden konnten. So wurde aus der "Vereinigten" 1920 wieder die Flensburg-Ekensunder Dampfschiffs-Gesellschaft, die allerdings eine Betriebsgemeinschaft mit der Sonderbuger Dampfschiffs-Gesellschaft einging.

Aber die Flotte der Flensburger war alt und die Mittel für eine Modernisierung fehlten. Mit den nach dem Krieg immer stärker aufkommenden Bahnen und Bussen war so nicht mehr mitzuhalten. So musste die Firma 1934 saniert werden. Fast alle Schiffe verkaufte man an die 1935 gegründete Förde Reederei. Nur zwei Frachtdampfer blieben bei der Flensburg-Ekensunder. Beide Schiffe wurden in der Viehfahrt und der Linienfahrt nach Hamburg eingesetzt und sanken 1941.

Die Gesellschaft war aber noch nicht am Ende. Nach Beschluss der Hauptversammlung wurde sie am 18. März 1950 in eine GmbH umgewandelt.